A mohácsi vész előtt már két ispotálya is volt Győrnek, de azt nem tudjuk, hogy ezekben a kórházi vagy inkább a menhelyi jelleg volt-e túlsúlyban. A káptalan felügyelete alatt a XVII. században két emberbaráti intézmény keletkezett a városban, nevezetesen a Szécsényi György püspök által 1669-ben alapított "Magyar Ispita" a mai Rákóczi Ferenc utcában, továbbá a Haberle Cecília által 1746-ban alapított "Német Ispita" a mai Vörösmarty utcában. Ezek nem kórházszerű intézmények, hanem inkább elaggottak menhelyei voltak. Működésük az I. világháború után, a fenntartásukra rendelt alapítványok megsemmisülése következtében szűnt meg, de épületeik ma is fennállnak.
A mai kórház kezdetére vonatkozó levéltári iratokból tudjuk, hogy Győr város tanácsa az 1748-ik év február havának 25-ik napján a város szegényeinek egy ispotály létesítése iránt előterjesztett kérvényét tárgyalta. A tanács a kérelmet méltányosnak és teljesítendőnek találva úgy határozott, hogy annak megvalósítására azt az 1000 forintot fogják fordítani, amely néhai Mittenzwey Mihály Gergely hagyatékából, a városra bízva, erre a célra várt. Az ígéretet azonban közvetlen tett nem követte, de a vállalt kötelezettség egy évvel utóbb mégis teljesült, amikor Mária Terézia királynő 1749 március 14-én Pozsonyban kelt rendeletével a protestáns egyházak szabad vallásgyakorlatát felfüggesztve, a Győr-Újvárosban fekvő imaházaik egyéb épületeik és telkeik kisajátítására utasította a várost. A rendelet végrehajtásáról az 1749 március 18-án lefolyt tanácsülés úgy határozott, hogy az evangélikus imaház és telek a külvárosi katolikus templom céljaira, papházak és iskolájuk pedig katolikus elemi iskola céljaira használtassék fel. A reformátusok imaházából és egyéb épületeiből pedig egy xenodochium, azaz ispotály létesítessék. Az ispotály céljaira 1749-ben kisajátított javak azonban még ugyanabban az évben, az átalakítás előtt porrá égtek és a tanács az 1749 október 3-án hozott határozatával Döller Miksa szenátort bízta meg azzal, hogy a kórházépítés céljaira a Mittenzwey-féle alapítványból 1000 frt-ot vegyen fel, egyúttal egy további határozatával a nevezett tanácsnokot, mint "jó és alkalmas férfiút" ("vir bonus et idoneus"), a létesítendő ispotály inspektori tisztségével is megbízta. A kórház alapkőletételéről az 1749. október 29-én kelt tanácsi jegyzőkönyv számolt be. Az ispotály 1749 október - 1750 november között a régi Rácz (ma Bálint Mihály) utcában épült fel.
A győri Szentháromság Kórház első vezetője Dr. Mulartz János Henrik volt. Dr. Mulartz János Henrik családi adataibó1 és ifjúságáról, sajnos keveset tudunk. Annyi ismeretes, hogy 1688. május 13-án született Köln közelében, a hajdani Jülich-hercegségben fekvő Düren városkában, ahol atyja Johann Hilgerius Mulartz, hercegségi számtartó volt. A Mulartz család tagjai tekintélyes polgárai voltak szűkebb hazájuknak és a francia határral szomszédos acheni kerület Montjoie nevű körzetében, Zweifall község mellett ma is létezik egy "Mulartzhütte" nevű, vaskohójáról nevezetes helység. A három függőpecséttel ellátott orvosi oklevelét Dr. Mulartz a híres páduai egyetemen 1725 április 7-én szerezte. A muzeális érték mellett különösen nagy orvostörténelmi beccsel bír Dr. Mulartz oklevele, mert azt elnöki minőségben az orvostudományok egyik nagy klasszikusának, a páduai egyetem büszkeségének, Giovani Battista Morgagninak, a jeles anatómusnak és kórboncnoknak névaláírása díszíti. A korábbi idők kórtani dogmatizmusának első megdöntője volt Morgagni, aki 79 éves hajlott korában ajándékozta meg tudományunkat a "De sebidus et causis moborum per anatomen indagatis" című klasszikus munkájával, melyben a kórbonctani tanulmánnyokkal egybekötött kórélettani szemlélet alapjait vetette meg. Az oklevélen a másik aláíró a jeles botanikus, Antonius Vallisnerius szerepel, akiről a " Vallisneria" nevű vízinövény nyerte nevét. Győri katonaorvosi működéséről sajnos semmit sem tudunk. Annyi ismeretes csupán, hogy a császári haditanácshoz benyújtott folyamodványa alapján 1727-ben nyerte el a győri várorvosi állást, s hogy keresett orvos és vagyonos ember lehetett, mert 1749-ben, még aktív szolgálata idején 7000 rhénusi forintot kölcsönzött az anyagiakban megszorult városnak. 1750-ben vonult nyugállományba és feleségével a város lakosai maradtak halálukig. 1809-ben kerül az első "medicinae" doktor a kórház élére Dr. Karpff Antal városi főorvos személyében. A francia megszállás - 1809 június 24-től 5 hónapon át - és a kolerajárvány idején - 1831 - is ő volt a főorvos egészen 1848-ban bekövetkezett haláláig. A kórház érdemes főorvosa ekkor Dr. Lumnitzer Károly volt egészen 1884-ben bekövetkezett haláláig.
Utóda a budapesti Rókus kórház sebészeti osztályának volt alorvosa, Dr. Petz Lajos lett. A hivatalát 1884-ben elfoglaló Petz Lajos igazgatónak egyik első teendője egy műtőszoba berendezése volt. Első segítője a nyugalmazott Schmidt József, majd Dr. Weisz Samu alorvos volt. Az új Szentháromság kórház felépítése során egy Sebészeti Osztály került kialakításra. Ez utóbbinak átadására 1895-ben került sor. Ez nagy haladást jelentett a korábbi helyzethez viszonyítva. Ekkor épültek fel a jelenlegi Zrínyi utcai kórház ma is működő épületei. 1911 októberében, már az új pavilon műtőjében, a bécsi Ewald professzor - vendégként - elvégezte az első appendectomiát.
Petz Lajost az igazgatói és sebész osztályvezetői székben fia, Petz Aladár követte, aki 1922-ben, 34 évesen vette át apja örökét. Diplomájának megszerzését követően több budapesti klinikán, majd a világháborút követően a II. Sebészeti Klinikán tanársegédként dolgozott, innen került vissza Győrbe. Ekkora már megalkotta, sőt 1920-ban már alkalmazta is az általa kifejlesztett, később világszerte elterjedt, ma is használható gyomor-bélvarrógépet. A készülék jelentősége óriási volt. Zárt rendszerben, a béltartalom hasüregbe jutásának veszélye nélkül lehetett operálni. A peritonitis ugyanis, a megfelelő baktériumellenes gyógyszerek, antibiotikumok hiánya miatt általában egyet jelentett a beteg halálával. A ma alkalmazott legkülönbözőbb korszerű varrógépek mindegyike lényegében az általa konstruált varrógép működési elvén alapul. Bár a későbbiekben a gyomorvarrógépen kívül még számos traumatológiai és egyéb vonatkozású műszert fejlesztett ki (célzókészülék combnyakszegezéshez, distractios készülék stb...), a világhírt a varrógép jelentette számára. Ennek fogalma oly mértékben kapcsolódik a mai napig is nevéhez, hogy német nyelvterületen a Petz névből igét képeztek, "durchgepetzen" ami annyit jelent: gépi kapocssorral elvarrni a belet. Minden alkalommal örömmel tölti el az embert, hogy a Petz nevet szinte minden külföldi sebész ismeri! Sajnos az is tény, hogy döntő többségük németnek, jobb esetben osztrák származásúnak hiszi.
Petz Aladár vezetése alatt kezdett kialakulni az önálló disciplinát jelentő traumatológia, amely végezetül és szükségszerűen 1957-ben majd önálló osztállyá szerveződött Patkós Imre vezetésével. Az intézményt folyamatosan továbbfejlesztve klinikai színvonalra, az ország kórházainak élvonalába emelte. 1936-ban - a hazai sebész szakma megbecsülésének jeleként - a Magyar Sebész Társaság elnökévé választották. Petz Aladár, mint igazgató, rajongott az általa vezetett kórházért. Energiájának nagy részét ennek fejlesztésére fordította, hálás kegyelettel őrizve apja emlékét és munkásságát. Fáradhatatlan munkája eredményeként a negyvenes években a győri sebészet már az ország egyik legkiválóbb és legjobban felszerelt osztálya lett. II. világháború során számos helyzetben nyilvánult meg emberi helytállása, melynek gyökereit nem csupán az orvosi hivatástudatban, hanem a kórházért érzett felelősségben és féltő aggodalomban is megtaláljuk. Az ostrom napjait is a kórház falai között és a pincékben berendezett műtőben töltötte. Emlékezetes és ma már történelmi eseménye ezeknek a napoknak a mártírhalált halt Apor Vilmos püspök életéért folytatott sebészi küzdelem. Bár a háborút követően -a széles körű szakmai összefogásnak köszönhetően - nevét törölték a B listáról, a kórházigazgatói tisztségről 1950-ben leváltották. A Sebészeti Osztályt azonban haláláig, 1957 februárjáig vezette.
Petz Aladárt Dr. Kocsis Ferenc miniszteri biztos követte az igazgatói székben, majd Dr. Tóth Béla és Dr. Marton Zoltán vezették az intézményt. 1953 szeptember 16-tól Dr. Mike Zoltán állt a kórház élén. Működése idején, 1957. április 1-jén vette át a Megyei Tanács a győri 8. számú Honvédkórházat 255 működő ággyal, minden felszereléssel, s a működéshez szükséges személyzettel együtt. Dr. Mike Zoltánt 1957. június 15-én Győr-Sopron Megyei Tanács V. B. Egészségügyi Osztályának vezetésével bízták meg. Helyét 1957. szeptember 1-től Dr. Tamás Loránd belgyógyász osztályvezető főorvos foglalta el. 1959 május 11-én a Győr-Sopron Megyei Kórház igazgató főorvosává Dr. Szász János főorvost nevezték ki. 1961-ben első ízben került olyan átfogó beszámoló a kórházfenntartó Megyei Tanács Végrehajtó Bizottsága elé, amely nemcsak az intézmény állapotát írta le, de meghatározta a fejlesztés irányait is.
Dr. Szász János 1971. november 1-jén lemondott igazgatói beosztásáról és a női Pszichiátriai Osztály vezető főorvosaként működött tovább, egészen 1982 januárjában történt nyugdíjba vonulásáig. Több éves elemző és előkészítő munka eredményeként - már Dr. Horváth Ottó főigazgatósága idején - 1973-ban elfogadták a kórházi fejlesztés első ütemének programját, amely meghatározó jelentőséggel bírt a Megyei Kórház történetében. Működése során a Győri Megyei Kórház szakmai színvonala és országos elismertsége ugrásszerűen növekedett. Ennek volt köszönhető, hogy az egyetemi rangra emelt Orvostovábbképző Intézet alkalmasnak találta a győri kórházat arra, hogy országos hatáskörrel részt vegyen a szakorvos továbbképzés munkájában. Ezekben az években lényegesen megszilárdult a kórház rendelőintézeti integráció, kibővült a megyei és városi intézményekkel történő szakmai együttműködés. Dr. Horváth Ottó főigazgató főorvost 1986 márciusában a Megyei Kórház -Rendelőintézetből az Egészségügyi Minisztériumba helyezték át miniszterhelyettesi beosztásba. Egy hónap elteltével 1985. április 16-tól a Megyei Kórház - Rendelőintézet főigazgató főorvosi beosztásába Dr. Kelemen István került.
1990-ben a Népjóléti Minisztérium rendelete értelmében a főigazgatói főorvosi beosztásra pályázatot írtak ki. 1991. január 1-től Dr. Bugovics Elemért nevezték ki a kórház főigazgatójának, aki kiemelten fontos területként kezelte a minőségbiztosítási rendszer kialakítását és működtetését. A minőségügyi rendszert kiterjesztette a vezetés-igazgatás, humánerőforrás, információkezelés, betegellátás minden területére, az infekciókontroll szabályozására, az épületek és berendezések működtetésének biztosítására és a minőségfejlesztésre. A gyógyító és ápoló munkával kapcsolatban rendszeresen végzett betegelégedettségi vizsgálatok visszajelzéseit figyelembe véve segítették a betegek gyógyulását.
Forrás : A Győri Kórház Jubileumi Évkönyve a 250. Évfordulóra 1749-1999. Főszerkesztő : Dr. Gecsényi Lajos a történelemtudomány kandidátusa Széchenyi Nyomda Kft., Győr 99. K-1990
2005. július 1-től Dr. Varga Gábor a Petz Aladár Megyei Oktató Kórház főigazgató főorvosa, aki osztályvezető főorvosként 1987-től dolgozik az intézményben. Fő feladatának a gazdálkodási rendszer újraszervezését és az intézmény tevékenységeinek racionalizálását nevezte meg.
2010. július 1-től a Győr-Moson-Sopron Megyei Közgyűlése Dr. Tamás László Jánost bízza meg az Intézmény főigazgatói feladatainak ellátásával.
2021. január 1-től az Emberi Erőforrások Minisztere Dr. Jávor Lászlót bízza meg az Intézmény főigazgatói feladatainak ellátásával.
(2021. január)